Pada tanggal 13 Mac 1997, beliau turun dari jawatannya sebagai ketua Misionaris Cinta Kasih dan memberi jawatannya kepada Suster Nirmala Joshi. Beliau meninggal pada tanggal 5 September 1997.

Pada saat kematiannya, Misionaris Cinta Kasih telah memiliki lebih dari 4.000 suster dan persaudaraan dengan 300 anggota yang menjalankan 610 misi di 123 negara.[petikan diperlukan] Ini termasuk penampungan dan rumah bagi penderita HIV/AIDS, kusta dan TBC, dapur umum, program konseling anak-anak dan keluarga, pembantu pribadi, panti asuhan, dan sekolah. Misionaris Cinta Kasih juga dibantu oleh wakil pekerja yang berjumlah lebih dari 1 juta pada tahun 1990-an.[47]

Bunda Teresa disemadikan di Gereja St. Thomas, Kalkuta selama satu minggu sebelum pemakamannya pada September 1997. Beliau diberi pemakaman kenegaraan oleh pemerintah India dalam rasa syukur atas jasanya kepada kaum miskin dari semua agama di India.[48] Kematiannya ditangisi baik di masyarakat sekuler dan religius. Dalam upetinya, Nawaz Sharif, Perdana Menteri Pakistan mengatakan bahwa Bunda Teresa adalah "seorang individu langka dan unik yang tinggal lama untuk tujuan yang lebih tinggi. Pengabdian seumur hidupnya untuk merawat orang miskin, orang sakit, dan kurang beruntung merupakan salah satu contoh khidmat tertinggi untuk umat manusia."[49] Mantan Setiausaha Agung PBB, Javier Perez de Cuellar mengatakan: "Beliau adalah Pemersatu Bangsa. Beliau adalah perdamaian di dunia ini".[49]